更新日：2025年10月11日
現在、日本国内で運行している航空会社は以下の通りです。
| 航空会社 | ICAO | IATA | コールサイン | 備考 |
|---|---|---|---|---|
| 日本航空 | JAL | JL | JAPAN AIR | oneworld メンバー |
| 全日本空輸 | ANA | NH | ALL NIPPON | スターアライアンス メンバー |
| 日本トランスオーシャン航空 | JTA | NU | JAY OCEAN | |
| 日本貨物航空 | NCA | KZ | NIPPON CARGO | |
| エアージャパン | AJX | NQ | AIR JAPAN | |
| スカイマーク | SKY | BC | SKYMARK | |
| AIRDO | ADO | HD | AIR DO | |
| ANAウイングス | AKX | EH | ALFA WING | |
| ソラシドエア | SNJ | 6J | NEW SKY | |
| スターフライヤー | SFJ | 7G | STARFLYER | |
| Peach Aviation | APJ | MM | AIR PEACH | |
| ジェットスター・ジャパン | JJP | GK | ORANGE LINER | |
| スプリング・ジャパン | SJO | IJ | JEY SPRING | 春秋航空日本 |
| ZIPAIR Tokyo | TZP | ZG | ZIPPY | |
| 東邦航空 | THK | — | — | |
| オリエンタルエアブリッジ | ORC | OC | ORIENTAL BRIDGE | |
| 新中央航空 | CUK | — | CHUOU AIR | |
| 日本エアコミューター | JAC | JC | COMMUTER | |
| 琉球エアーコミューター | RAC | — | RYUKYU AIR | |
| ジェイエア | JLJ | — | J AIR | |
| 北海道エアシステム | NTH | — | NORTH AIR | |
| 天草エアライン | AHX | MZ | AMAKUSA AIR | |
| アイベックスエアラインズ | IBX | FW | IBEX | |
| フジドリームエアラインズ | FDA | JH | FUJI DREAM | |
| トキエア | TOK | BV | TOKI AIR |